Nombre de reproduction effectif

Le nombre de reproduction effectif Re mesure le nombre moyen d'infections causées par un individu infecté. Nous mettons ici à disposition une estimation du nombre de reproduction effectif Re mise à jour quotidiennement.

Evaluation de la situation épidémique

Le nombre de reproduction effectif Re était entre 2 et 3 à la début mars, ce qui correspond à la fourchette estimée ailleurs dans le monde. Re est passé sous le seuil critique de 1 à la mi-mars. Re a ensuite augmenté de façon continue entre la deuxième semaine de mai et la mi-juin, avec un pic entre 1.4 et 1.9. Un autre pic moins important a été observé en juillet. Ces deux pics étaient causés par des résurgences épidémiques dans des régions différentes de Suisse. Pendant l’été, Re s’est stabilisé autour de 1,1. Cela correspond à un doublement du nombre de cas toutes les 4 semaines environ.

Depuis la mi-septembre, Re a augmenté très rapidement jusqu’à un pic à 1.5 à la fin du mois. Cela correspondait à un doublement des cas chaque semaine environ. Le Re estimé à partir du nombre d’hospitalisations a suivi la même tendance et est passé au-dessus de 1 de manière significative pour la première fois depuis mars. Cette transmission rapide du virus a été observée dans tous les cantons suisses. Actuellement, le Re diminue et l’estimation à l’échelle de la Suisse est en-dessous de 1, en se basant sur le nombre de cas confirmés et d’admissions à l’hôpital. Cependant, tous les cantons n’ont pas un Re inférieur à 1.

Cependant, en raison du fort taux de positivité des tests et du retard dans les remontées des hospitalisations, ces estimations de Re pourraient être trop faibles. Le Re calculé en prenant en compte le taux de positivité des tests (nombre de cas confirmés / nombre de tests) est une indicateur fiable si les personnes testées étaient prises au hasard dans la population. Puisque l’on teste spécifiquement les personnes symptomatiques, cette valeur de Re pourrait aussi être biaisée. Actuellement, l’estimation de Re fondée sur le nombre de morts est la plus fiable. Cependant, cette estimation de Re reflète la situation épidémique avec un retard d’environ 3 semaines. Car il s’écoule en moyenne environ 17 jours entre l’infection et le décès, lorsque celui-ci survient.

Un rapport hebdomadaire détaillé sur la situation épidémique est publié par la Science Task Force sous la forme de Policy Briefs.

Des outils additionnels d’évaluation de la situation épidémiologique sont disponibles ici. En particulier, sont disponibles des estimations de Re pour plusieurs cantons, régions suisses et de très nombreux pays du monde. Ces estimations ainsi que les incidences par pays peuvent être visualisées sur une carte du monde. Par ailleurs, nous proposons des estimations des variations de Re suivant la mise en place ou la fin de restrictions. Enfin, une estimation du nombre quotidien des nouvelles infections, basée sur le nombre de cas confirmés, y est disponible. Cette estimation est utilisée pour calculer le Re . Les résultats de Re sont disponibles en téléchargement au format CSV.

Méthodes

La valeur de Re donnée pour un jour J est une moyenne des estimations réalisées sur les jours J-2, J-1 et J. Nous donnons la médiane des estimations ainsi que les intervalles d'incertitude à 95%. La méthode d'estimation de Re est expliquée en détails ici (section A propos de ce site). Depuis juin, nous lissons d’abord les données brutes par une étape reposant sur la méthode dite LOESS, nous inférons ensuite les dates d’infections des malades grâce à une étape de déconvolution (détails ici et ici, en anglais). Nous estimons ensuite le nombre de reproduction effectif Re grâce au software EpiEstim auquel nous fournissons les dates estimées d’infection.

 Les résultats utilisant les données disponibles du 26 juin 2020 et reposant sur la méthode précédente sont accessibles ici.

Depuis juin 2020, toutes les estimations de Re reposent désormais seulement sur les données fournies par l’OFSP. Chaque jour, l’OFSP communique le nombre de nouveau cas signalés dans les dernières 24 heures. Ces cas ont généralement été testés positifs au cours des 3 derniers jours. Pour estimer Re, nous utilisons l’incidence journalière, le nombre de cas confirmés pour un jour donné et non le nombre de nouveaux cas signalés. Nous excluons les données des deux derniers jours car elle ne sont pas encore consolidées. Donc les données affichées sur nos graphes diffèrent des chiffres communiqués par l’OFSP dans sa communication quotidienne, elles ne représentent pas les mêmes quantités.

Notre evaluation de la situation épidémique se fondent sur plusieurs méthodes, voir l’appendice A du Policy Brief sur l’effet des mesures prises (en anglais). Les valeurs estimées diffèrent selon la méthode employée, mais les tendances détectées sont identiques.

Mises en garde

Il faut noter que les estimations les plus récentes de la valeur de Re peuvent fluctuer légèrement avant d’être consolidées. Nous appuyons donc notre analyse sur les récentes tendances observées sur plusieurs jours.

Le fait que Re soit au-dessus de 1 n’est pas une conséquence de l’intensification des campagnes de tests ou de faux-positifs résultant de ces tests. En effet, bien que le nombre de tests hebdomadaires ait augmenté durant l’été, la fraction positive des tests (ou taux de tests positifs) a elle aussi augmenté de 0.4% en Juin à environ 15% en ce moment. Une correction prenant en compte l’augmentation du nombre de tests cette augmentation confirme que Re était significativement au-dessus de 1 pendant la majeure partie de l’été. Par ailleurs, la spécificité des tests PCR étant très élevée, le nombre de résultats faux positifs pouvant biaiser les estimations est très faible.