Nombre de reproduction effectif

Le nombre de reproduction effectif Re mesure le nombre moyen d'infections causées par un individu infecté. Nous mettons ici à disposition une estimation du nombre de reproduction effectif Re mise à jour quotidiennement.

Evaluation de la situation épidémique

Le nombre de reproduction effectif Re était entre 2 et 3 à la début mars, ce qui correspond à la fourchette estimée ailleurs dans le monde. Re est passé sous le seuil critique de 1 à la mi-mars. Re a augmenté de façon continue depuis la deuxième semaine de mai, avec un pic entre 1.4 et 1.9 à la mi-juin. Un autre pic moins important a été observé en juillet. Ces deux pics étaient causés par des résurgences épidémiques dans des régions différentes. Re est maintenant retombé à un niveau légèrement inférieur. Cependant, la valeur médiane de Re était au-dessus de 1 pendant la majeur partie de juin et juillet et Re n’était jamais significativement en-dessous de 1 pendant cette période. La situation reste donc préoccupante. 

Le fait que Re soit au-dessus de 1 n’est pas une conséquence de l’intensification des campagnes de tests ou de faux-positifs résultant de ces tests. En effet, bien que le nombre de tests hebdomadaires ait augmenté en juin, une correction pour cette augmentation confirme que Re était significativement au-dessus de 1 la plupart du temps entre mi-juin et mi-juillet. Cette conclusion est concordante avec l’augmentation observée de la fraction positive de tests. La spécificité des tests PCR étant très élevée, le nombre de résultats faux positifs pouvant biaiser les estimations est très faible.
 

Des outils additionnels de la situation épidémiologique sont disponibles ici. En particulier, sont disponibles des estimations de Re pour plusieurs cantons, les régions et certains pays européens. Par ailleurs, nous proposons des estimations des variations de Re suivant la mise en place ou la fin de restrictions. De plus, une estimation du nombre quotidien des nouvelles infections, basée sur le nombre de cas confirmés, y est disponible. Cette estimation est utilisée pour calculer le Re . Les résultats de Re sont disponibles en téléchargement au format CSV.

Méthodes

La valeur de Re donnée pour un jour J est une moyenne des estimations réalisées sur les jours J-2, J-1 et J. Nous donnons la médiane des estimations ainsi que les intervalles d'incertitude à 95%. La méthode d'estimation de Re est expliquée en détails ici (en anglais). Nous avons amélioré la méthode avec laquelle nous inférons les dates d’infections des malades, nous utilisons désormais une méthode de déconvolution comme présentée dans deux pre-prints récents (Practical considerations for measuring the effective reproductive number, Rt et A pitfall in estimating the effective reproductive number Rt for COVID-19). Ce changement de méthode permet de détecter les changements de Re de manière plus précoce. Les résultats utilisant les données disponibles jusqu’au 26 juin 2020 et reposant sur la méthode précédente sont accessibles ici.

Toutes les estimations de Re reposent désormais seulement sur les données fournies par l’OFSP et non plus sur celles fournies par openZH, les données fournies par openZH n’étant plus aussi régulièrement mises à jour.

Chaque jour, l’OFSP communique le nombre de nouveau cas signalés dans les dernières 24 heures. Ces cas ont généralement été testés positifs au cours des 3 derniers jours. Pour estimer Re, nous utilisons l’incidence journalière, le nombre de cas confirmés pour un jour donné et non le nombre de nouveaux cas signalés. Nous excluons les données des deux derniers jours car elle ne sont pas encore consolidées. Donc les données affichées sur nos graphes diffèrent des chiffres communiqués par l’OFSP dans sa communication quotidienne, elles ne représentent pas les mêmes quantités.

Notre evaluation de la situation épidémique se fondent sur plusieurs méthodes, voir l’appendice A du Policy Brief sur l’effet des mesures prises (en anglais). Les valeurs estimées diffèrent selon la méthode employée, mais les tendances détectées sont identiques.