Nextstrain

Phylogenetische Analysen von Schweizer SARS-CoV-2-Genomen im internationalen Kontext

Der phylogenetische Baum zeigt evolutionäre Verwandtschaften von SARS-CoV-2-Viren die im Laufe der COIVD-19 Pandemie in der Schweiz und anderswo sequenziert wurden. Unser Ziel ist es, so viele Genome aus der Schweiz wie möglich einzubeziehen. Darüber hinaus enthält der Baum auch Virusgenome aus anderen europäischen Ländern und dem Rest der Welt, um die Schweizer Viren im internationalen Kontext zu sehen. Dieser Kontext ist wichtig, um zu verstehen, wie die verschiedenen Ausbrüche zusammenhängen. Wir weisen jedoch darauf hin, dass direkte Nachbarschaft im Baum nicht unbedingt bedeutet, dass es eine direkte epidemiologische Verbindung zwischen zwei Fällen gibt. Die Abdeckung des Ausbruchs mit sequenzierten Genomen ist sehr unvollständig und heterogen. Darüber hinaus treten Mutationen im Durchschnitt nur alle zwei Wochen auf. Längere Zeiträume ohne Mutationen sind daher nicht ungewöhnlich und direkte Verbindungen oder die Richtung einer Übertragung können nicht allein aus dem Baum abgeleitet werden.

Hintergrundinformationen zur genomischen Epidemiologie und zur Interpretation phylogenetischer Bäume finden Sie auf nextstrain.org.

Um die Interpretation zu erleichtern, haben wir eine interaktive Erläuterung der Schweizer Daten vorbereitet. Um die Daten selbst eingehend und interaktiv zu erkunden, besuchen Sie nextstrain.org.

Die Daten aus der Schweiz stammen von den folgenden Gruppen:

Alle von uns verwendeten Daten (schweizerische und internationale) stammen aus der GISAID Datenbank. Wir danken den vielen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern auf der ganzen Welt, die Virusgenome und Metadaten via GISAID zur Verfügung stellen. Ohne diese Daten wäre diese Arbeit nicht möglich.